Trường PTDTNT THCS&THPT Vĩnh Thạnh được thành lập theo Quyết định số 1320/QĐ-UB ngày 05/9/1984 của UBND tỉnh Nghĩa Bình và chính thức khai giảng ngày 25/11/1984 tại một vùng đồi núi thuộc Làng L6, xã Vĩnh Hòa, huyện Vĩnh Thạnh. Cơ sở vật chất ban đầu hầu như chưa có gì, chỉ có vài cái nhà tranh vách nứa dùng làm lớp học, văn phòng, nhà ăn, nhà ở và nhà bếp. Trang thiết bị phục vụ cho việc nuôi, dạy và học còn rất nhiều thiếu thốn. Đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên lúc đó chỉ có 07 người. Tổng số học sinh tuyển được gồm 50 em chia làm 03 lớp (lớp 2, lớp 3 và lớp 4). Trong điều kiện như vậy, nhưng nhân dân ở các bản làng rất vui mừng phấn khởi vì con em mình được nuôi, được chăm sóc, được sinh hoạt và học tập trong một môi trường nội trú để có cái chữ, có kiến thức sau này phục vụ quê hương, đất nước.
Sau đó 02 năm, ngày 26/6/1986, UBND tỉnh Bình Định có quyết định thành lập Trường cấp II-III DTNT Vĩnh Thạnh. Lúc bấy giờ, Trường mới đang xây dựng dở dang. Bộ phận cấp III (gồm 04 lớp) trực thuộc Trường THCS Vĩnh Quang (quen gọi là Trường nhô cấp III); bộ phận cấp I, II dân tộc nội trú vẫn còn ở Trường cũ. Năm học 1987-1988, Trường PT cấp II - III DTNT Vĩnh Thạnh chính thức khai giảng năm học đầu tiên tại ngôi trường mới. Đến khi Trường PTDTNT tỉnh Bình Định thành lập, Trường không còn đào tạo học sinh cấp II nữa, Trường PT cấp II-III DTNT Vĩnh Thạnh lại được đổi tên là Trường PTDTNT Vĩnh Thạnh.
Năm học 1985-1986, tại khu vực Sân bay thuộc xã Vĩnh Hảo, huyện Vĩnh Thạnh, từ một khoảng đất lòi lõm, xung quanh là cây xanh, bụi rậm, nhô lên một dãy 05 phòng học, số lớp mới chỉ có 06 lớp với 380 học sinh. Đến năm học 2004-2005, Trường PTDTNT Vĩnh Thạnh đã phát triển 34 lớp, với 1.486 học sinh, trong đó có 25 lớp THPT với 1.248 học sinh và 09 lớp THCS với 238 học sinh DTNT. Để thuận tiện cho công tác giảng dạy và giáo dục học sinh DTNT, phù hợp với loại hình trường chuyên biệt, thực hiện Đề án tách khối trung học phổ thông ra khỏi Trường PTDTNT Vĩnh Thạnh, Quyết định số 93/2004/QĐ - UB ngày 01/10/2004 của UBND tỉnh Bình Định về việc thành lập Trường THPT Vĩnh Thạnh, Trường PTDTNT Vĩnh Thạnh được chuyển đến địa điểm trường mới hiện nay, tiếp quản cơ sở khu nhà làm việc cũ của Huyện ủy và UBND huyện Vĩnh Thạnh thuộc địa bàn xã Vĩnh Hảo, huyện Vĩnh Thạnh. Trường có nhiệm vụ nuôi dưỡng, giảng dạy và giáo dục học sinh DTNT cấp THCS. Trước nhu cầu học tập, mong muốn được học tiếp cấp THPT của con em đồng bào dân tộc thiểu số trên địa bàn huyện, Sở Giáo dục và Đào Bình Định đồng ý cho Trường PTDTNT Vĩnh Thạnh mở lớp Trung học phổ thông dành cho học sinh người dân tộc thiểu số từ năm học 2006-2007.
Hiện nay, Trường PTDTNT Vĩnh Thạnh đã được đổi tên thành Trường PTDTNT THCS&THPT Vĩnh Thạnh theo Quyết định số 453/QĐ-UBND Ngày 15/02/2019 UBND tỉnh Bình Định. Trường có nhiệm vụ nuôi dưỡng, giảng dạy và giáo dục học sinh DTNT cấp THCS và học sinh dân tộc thiểu số cấp THPT. Quy mô phát triển trường, lớp, học sinh đáp ứng được nhu cầu phát triển giáo dục dân tộc ở địa phương. 100% học sinh của Trường là người dân tộc thiểu số với các thành phần dân tộc Bana, Mường, Thái, Chăm, Dao,... . Đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên nhà trường có tăng lên cả về số lượng và chất lượng. Trường có 48 cán bộ, giáo viên, nhân viên; trong đó có 03 cán bộ quản lý, 30 giáo viên, 15 nhân viên. 100% cán bộ, giáo viên đạt trình độ chuẩn và trên chuẩn; 08 cán bộ, giáo viên có trình độ thạc sĩ (chiếm tỷ lệ 24,2%); 04 GV dạy giỏi cấp tỉnh; 01 giáo viên chủ nhiệm giỏi cấp tỉnh; 02 GV dạy giỏi cấp huyện, 16 GV dạy giỏi cấp trường. Cơ sở vật chất, đồ dùng trang thiết bị phục vụ cho việc nuôi, dạy và học trong nhà trường luôn được đầu tư xây dựng theo hướng chuẩn hóa.
